Izbirni predmeti I, II, III, IV se izvajajo v poletnem semestru prvega letnika. Vsak študent na začetku študija izbere projekt, ki mu določi štiri izbirne predmete.

Izbirni predmeti V, VI, VII, VIII se izvajajo v zimskem semestru drugega letnika. Vsak študent na začetku študija izbere projekt, ki mu določi štiri izbirne predmete. Za Izbirni predmet IX lahko študent izbere projektni predmet drugega neizbranega projekta. Dejansko število kontaktnih ur je odvisno od izbirnega predmeta, ki ga izbere študent. Za Prosto izbirni predmet lahko študent izbere predmet iz nabora Prosto izbirni predmeti (Virtualni stroji in upravljanje z računalniškimi viri ali Matematika v računalništvu ali Kvaliteta programske opreme) ali katerikoli drugi predmet iz ponudbe predmetov magistrskih študijskih programov 2. stopnje UM FERI, drugih članic UM ali drugih univerz, v skupni vrednosti najmanj 6 ECTS točk. Dejansko število kontaktnih ur je odvisno od izbirnega predmeta, ki ga izbere študent. Kontaktne ure (Druge oblike študija) pri Magistrskem delu so mišljene kot individualne konzultacije z mentorjem. V primeru, da se na posamezni izbirni predmet vpiše manjše število študentov (manj kot 5), se neposredno pedagoško delo izvede v obsegu najmanj 10 % predvidenih kontaktnih ur v mentorski obliki.