Cilji in kompetence
Študent si pridobi znanje iz kemoinformatike, bioinformatike in spozna strukture (makro)molekul. Študent zna uporabljati moderne bioinformacijske knjižnice na vseh nivojih in pripravljati svoje knjižnice spojin. Študent zna napraviti osnovno strukturno napovedovanje/modeliranje in opraviti analizo vhodnih podatkov. Študent zna s pomočjo kemijskih deskriptorjev in analizo biološke aktivnosti napraviti osnovne predikcijske modele in opraviti bioinformacijsko analizo.
Vsebina
V okviru predmeta bodo študentje spoznali osnovne bioinformacijske in kemoinformacijske pristope ter tehnike analize in modeliranja struktur (makro)molekul.
• In silico reprezentacija spojin
• Knjižnice spojin
• On-line strukturne knjižnice
• On-line proteomske knjižnice
• On-line genske knjižnice
• Kemijski deskriptorji
• Strukture makromolekul
• Napovedovanje strukture proteinov
• Modeliranje (makro)molekul
• Prileganja (strukturna, sekvenčna)
• Podobnost
• Biološka aktivnost spojin
• Priprava napovednih modelov
Metode poučevanja in učenja
Predavanja, vaje, delavnice.
Predvideni študijski rezultati - znanje in razumevanje
Znanje in razumevanje:
Študent bo sposoben
razumeti izbrane bioinformacijske pojme
opraviti osnovno bioinformacijsko analizo.
Temeljni literatura in viri
GA´SPA´RI, Zolta´n (urednik). Structural bioinformatics : methods and protocols. New York: Humana Press, cop. 2020. XII, 256 str., ilustr. Methods in molecular biology, 2112, Springer protocols. ISBN 978-1-0716-0272-0. ISSN 1064-3745.
Pogoji za vključitev v delo oz. za opravljanje študijskih obveznosti
Pričakovano je, da imajo študentje osnovno predznanje kemije ter računalništva in informatike.
